Rinzai skolen er udsprunget fra zenmester Rinzai Gigen. Den kendetegnes mest ved brugen af koan systemet og dens 'konfronterende' stil.
Soto skolen er fra mestrene Tozan og Sozan. De har en mere 'belærende' stil.
Der er nu også en 'reformeret' soto lægmands-skole kaldet Sanbo Kyodan. De bruger nogle koaner og en mere konfronterende stil 'lånt' fra Rinzai, men det er ikke en 'kombineret' soto-rinzai som nogle hævder.
